Với địa thế của mình, Huế đã được các chúa Nguyễn chọn làm nơi xây dựng các công trình thủ phủ nhằm xây dựng cơ sở cho mình trong cuộc nội chiến kéo dài. Trong suốt thời gian tồn tại của mình, họ đã xây dựng nhiều công trình với mục đích chính trị như các Thủ phủ: Phủ Phước Yên, Phủ Kim Long, Phủ Bác Vọng, Phủ Phú Xuân lần thứ nhất và Đô thành Phú Xuân, hay tâm linh như các chùa chiền như chùa Thiên Mụ và một loạt các lăng tẩm của các chúa...[1] Một số công trình thời này về sau đã bị nhà Tây Sơn tàn phá.[1]

Khi nhà Tây Sơn lấy Phú Xuân từ các chúa Nguyễn, họ cũng đã thiết lập được một số công trình của mình đơn cửa là các lăng mộ của vua Quang Trung. Nhưng dấu vết để lại không rõ nét lắm vì những công trình trên về sau bị nhà Nguyễn tàn phá và nhà Tây Sơn tồn tại quá ngắn ngủi[2][3][4].

Khi thắng Tây Sơn và chọn Huế xây dựng làm kinh đô, vua Gia Long đã cho xây dựng một dạng kinh đô có tính phòng thủ: xây dựng một loạt tường thành, cung điện, công sở, đồn lũy ở bờ bắc sông Hương như Kinh Thành cùng với các phòng, bộ nha viện trong kinh thành, các công trình phòng thủ quân sự dọc bờ nước sông Hương, sông Hộ Thành và cửa biển Thuận An. Các công trình trên được xây dựng theo lối kiến trúc truyền thống của Huế, kết hợp với kiểu mẫu bố trí từ Trung Quốc và kỹ thuật quân sự, xây tường thành theo lối Vauban từ các nước phương Tây đồng thời tuân thủ theo nguyên tắc địa lý phong thủy phương Đông[5][6] Ngoài các công trình trong Kinh thành Huế, Hoàng thành Huế, Tử cấm thành (Huế), nhà Nguyễn còn cho xây dựng nhiều công trình ở các khu vực lân cận với nhiều mục đích khác nhau như: phục vụ giáo dục như Văn Miếu, Võ Miếu, Quốc Tử Giám, Trường Thi...; ngoại giao như Thượng Bạc Viện và giải trí như Hổ Quyền. Cũng trong khoảng thời gian này, Huế đã tự hình thành cho mình một phong cách xây dựng lăng tẩm riêng theo phong cách triết học có sự chi phối của phong thủy địa lý, kết hợp phong cách nhà vườn Huế với phong cách cung đình Huế như ở các khu lăng tẩm tiêu biểu của vua Gia Long, Minh Mạng, Thiệu Trị, Tự Đức, Dục Đức và Đồng Khánh. Ngoài các công trình trên, giai đoạn này cũng là giai đoạn nhiều chùa quán, đền miếu được xây dựng trùng tu với bốn ngôi quốc tự Thiên Mụ, Giác Hoàng, Diệu Đế, Thánh Duyên và quốc quán Linh Hựu cùng với nhiều chùa chiến đền miếu nhỏ khác. Việc này đã hình thành thiền kinh của Phật giáo Việt Nam thế kỷ thứ 19 [7]